二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳,其中25%就地办理缴库,25%就地全额缴入中央国库;50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时,总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论,二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
因此,查补税款的50%应分配给总机构缴纳,50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳,未参与检查的其他二级分支机构不参与分配。

依据:
企业什么时候提出延期申报申请?下面由华审网小编为大家详细解答。
电子税务局中,跨区域税源登记怎么办理?下面由华审网小编为大家详细解答。
个体户是小规模纳税人,出售已使用的固定资产未达起征点还需要缴纳增值税吗?下面由华审网小编为大家详细解答。
小规模纳税人可以接受其他公司开的增值税专用发票吗?下面由华审网小编为大家详细解答。
发票验旧在电子税务局哪里操作?下面由华审网小编为大家详细解答。
小规模纳税人开百分之五税率的发票是指哪些业务?下面由华审网小编为大家详细解答。
纸质普通发票重复开具怎么处理?下面由华审网小编为大家详细解答。
个税APP中,提示专项附加扣除重复采集怎么处理?下面由华审网小编为大家详细解答。
申请调整开票限额的办结时限是多久?下面由华审网小编为大家详细解答。
2024年度小规模纳税人增值税税率多少?下面由华审网小编为大家详细解答。
电子税务局上实名认证不成功怎么处理?下面由华审网小编为大家详细解答。
电子发票的票面上展示发票专用章吗?下面由华审网小编为大家详细解答。