货币单元抽样的缺点主要包括:
(1)货币单元抽样不适用于测试总体的低估,因为账面金额小但被严重低估的项目被选中的概率低,如果在货币单元抽样中发现低估,注册会计师在评价样本时需要特别考虑;
(2)对零余额或负余额的选取需要在设计时予以特别考虑,例如,如果准备对应收账款进行抽样,注册会计师可能需要将贷方余额分离出去,作为一个单独的总体,如果检查零余额的项目对审计目标非常重要,注册会计师需要单独对其进行测试,因为零余额的项目在货币单元抽样中不会被选取;
(3)当发现错报时,如果风险水平一定,货币单元抽样在评价样本时可能高估抽样风险的影响,从而导致注册会计师更可能拒绝一个可接受的总体账面金额;
(4)在货币单元抽样中,注册会计师通常需要逐个累计总体金额,以确定总体是否完整并与财务报表一致,不过如果相关会计数据以电子形式储存,就不会额外增加大量的审计成本;
(5)当预计总体错报的金额增加时,货币单元抽样所需的样本规模也会增加,这种情况下,货币单元抽样的样本规模可能大于传统变量抽样所需的规模。

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