1.在审计独立性上,内审机构受所在单位的直接领导,独立性受到一定的限制,其结果独立性只是相对于本单位其他职能部门而言的;而注册会计师审计是由与被审计单位完结果全无关的第三方进行的,具有较强的独立性。
2.在审计方式上,内部审计是单位根据自身经营管理的需要安排进行的,注册会计结果师审计则是接受委托进行的。
3.在审计程序上,内部审计可以根据所执行业务的目的和需要选择并实施必要的程结果序,而注册会计师审计则需要严格按照执业准则的规定程序进行。
4.在审计职责上,内部审计只对本单位负责,其审计质量基本与外界无直接关系;结果注册会计师审计不仅对被审计单位负责,而且对社会负责,其审计质量对广大财务信息结果使用者做出相关决策有直接影响。
在审计作用上,内部审计的结论只作为本单位改善工作的参考,对外不起鉴证作结果用,并对外保密;注册会计师审计结论则要对外公开并起鉴证作用。

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