对纳税人已发起异议申诉，但扣缴单位仍在为其办理扣缴申报的，应当如何处理？

1、对于“被任职—曾经任职”的申诉，可以在扣缴客户端首页的【待处理事项】或右上角的【消息中心】中打开风险提示，核实申诉人情况；对于其他申诉，扣缴单位应主动配合税务机关核实相关情况。

区分以下情形处理：

（1）确认仍在职的，将相关情况反馈至主管税务机关；

（2）确认为已离职人员或非本单位人员的，从该人员未在职月份起逐月删除涉及人员申报信息。

非批量方式删除：在首页逐月切换所得月份，在申报表报送界面，点击【更正申报】，将【申报状态】修改为“待申报”；重新进入【收入及减除填写】界面，选择所得项目,进入申报表填写界面，将申诉属实人员收入信息删除，重新计税和申报。如果更正涉及月份已在办税服务厅更正过，或扣缴客户端没有历史申报数据的，暂时只能去办税服务厅更正。

批量方式删除：在风险提示中，勾选申诉属实的人员申报明细数据后点击【保存】将数据导出到本地，可以按税款所属期导出，也可以全部导出；在首页逐月切换所得月份，在申报表报送界面，点击【更正申报】，将【申报状态】修改为“待申报”；进入相应所得项目填写界面，选择【更多操作】-【批量导入删除】，进入批量删除界面；点击【导入】-【导入数据】，选择需要删除的人员后点击【批量删除】，完成后重新进行税款计算和申报。

2、更正完成后，点击【人员信息采集】，选择申诉人员：

（1）确认为已离职人员的，在【人员信息】明细页面，填写实际离职日期，并将人员状态修改为“非正常”；

（2）确认为非本单位人员的，在【人员信息】明细页面，填写离职日期，且与任职受雇从业日期保持一致，并将人员状态修改为“非正常”。