建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部,应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税,并由项目部向所在地主管税务机关预缴。 建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税,按照以下方法进行预缴:总机构只设跨地区项目部的,扣除已由项目部预缴的企业所得税后,按照其余额就地缴纳。
因此,建筑企业跨地区设立工程项目部,总公司可以扣除已由项目部预缴的企业所得税后,按照其余额缴纳企业所得税。

依据:
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